در ابتدا سلاطین ایوبی بر قبر حضرت رقیه صلوات الله و سلامه علیها ، مقبره‌ای کوچک ولی زیبا ساختند; سنگ قبری که بر وی نهاده شد از سنگ موزائیک تزئین شده به‌ وسیله عاج و مرمر بود که اطراف آن را ضریح زیبایی احاطه کرده بود و بر فراز آن نیز گنبد و عمارتی بنا شد.

مکان یاد شده که از همان ابتدا به صورت مسجد و مقبره بود، در سال 1125 هجری مورد بازسازی قرار گرفت و در سال 1323 هجری نیز به‌ وسیله میرزا علی اصغر خان امین السلطان صدراعظم ناصرالدین شاه دوباره ترمیم شد. در آن زمان سه کتیبه‌ي سنگی در داخل حرم در سمت محراب شبستان آن دیده می‌شد. در کتیبه اول چند حدیث در فضایل اهل بیت و نام میرزا بابا مستوفی گیلانی به عنوان تعمیر کننده بقعه مقام رقیه به تاریخ 1125 هجری دیده می‌شد. در کتیبه دوم به مکان دفن ملک کامل ناصرالدین محمد که در سال 880 هجری در این مکان مدفون شده بود اشاره و بر کتیبه سوم نیز چند بیت شعر نوشته شده بود.

چون فضای این مکان گنجایش زوار را نداشت مرحوم شیخ نصرالله خلخالی در صدد توسعه مقبره و حرم برآمد. لذا خانه‌های اطراف را با کمک مردم خَیّرِ محل خریداری کرد ولی عده‌ای راضی نشدند و به همین منوال باقی بود تا در سال 1363 هجری شمسی به گفته جناب حجة الاسلام فهری زنجانی، با خرید آن خانه‌ها امر پی‌ریزی بنای جدید حرم از سوی جمهوری اسلامی و با حضور مقامات سوریه آغاز شد

مساحت ساختمان حرم، بیش از چهارهزار متر مربع است که ششصد متر مربع از آن صحن و فضای باز است و بقیه را حرم و شبستان آن و مسجد دیگری که در مجاورت ضریح ساخته شد تشکیل می‌دهند. نوع معماری که اکنون در بنای حرم بکار رفته، معماری ایرانی اسلامی است. صحن مسجد که گرداگرد آن بصورت ایوانی به اندازه یک و نیم متر مسقف است با ستونهای بسیار زیبای سنگی سفید و بصورت کنگره ای ساخته شده اند. گنبد آن بکلی تعویض و براساس معماری ایرانی ساخته شده و دوازده ستون مرمرین در داخل حرم آن را نگه داشته اند. گرداگرد سقف و دیواره‌ها نیز کاشی‌کاری است.

ضریح حرم که از دوران «امین السلطان» صدراعظم ناصرالدین شاه مانده بود در سال 1372 شمسی با ضریح دیگری که بوسیله چهل تن از هنرمندان برجسته اصفهانی به صورتی بسیار زیبا و تحسین برانگیز ساخته شده تعویض گردید. البته ضریح قبلی برداشته نشد بلکه در داخل ضریح جدید قرار گرفت. هر چند که این ضریح تقریباً 1/5 برابر ضریح قبلی است و بعلت بزرگی، زیاد با سن حضرت رقیّه و کودکی وی تناسبی ندارد لیکن از شاهکارهای هنر اسلامی بوده و قابل تقدیر و ستایش است. 

کنار حرم مطهر بازاری است که در طول تاریخ اسلامی به «سوق العماره» معروف بوده است و باب الفرادیس مذکور نیز در داخل این بازار و حدود بیست متری مقام حضرت رقیّه قرار دارد. شایان گفتن است که از سمت شمال حرم به كاخ اموی نیز راه است.